Přes dvacet let se věnuje především miniinvazivní gynekologické chirurgii, od roku 2006 působil jako zástupce primáře porodnicko-gynekologického oddělení Nemocnice AGEL Nový Jičín a stál u vzniku zdejší onkogynekologie jako součásti Komplexního onkologického centra. A od roku 2023 vede MUDr. Martin Trhlík i celé gynekologicko-porodnické oddělení.